Historię współczesnego Sudanu Południowego otwiera podpisanie 9 stycznia 2005 r. umowy pokojowej („Comprehensive Peace Agreement”), kończącej jeden z najdłuższych, najbardziej brutalnych konfliktów na kontynencie afrykańskim. Wojna pomiędzy muzułmańską północą a chrześcijańskim południem trwała 21 lat. Konflikt zniszczył całkowicie infrastrukturę Południa, pochłonął ponad 2,5 miliona istnień ludzkich, 4 miliony osób zostało wewnętrznie przesiedlonych, 0,5 miliona udało się na uchodźstwo do Kenii, Etiopii i Ugandy.
Władze nowopowstałego państwa stają teraz przed wyzwaniami związanymi nie tylko z budowaniem wewnętrznych struktur czy też utrzymywaniem kontaktów z Sudanem, ale również z problemami humanitarnymi, które dotykają jego mieszkańców. Polska Akcja Humanitarna, która od sierpnia 2006 roku prowadzi misję w Sudanie Południowym zwraca uwagę na następujące problemy humanitarne:
- Jednym z największych problemów, z którym boryka się Sudan Południowy to niewydolna służba zdrowia. 75% mieszkańców Sudanu Południowego nie ma dostępu do podstawowej opieki medycznej, która zapewniana jest głównie przez międzynarodowe organizacje pozarządowe (80% dostępnej opieki medycznej). Grupą najbardziej narażoną z powodu niedostatecznej opieki medycznej są kobiety i dzieci. Sudan Południowy ma najwyższe na świecie wskaźniki umieralności kobiet podczas porodu oraz dzieci w wieku do 5 roku życia.
- Kolejnym wyzwaniem są ogromne braki w sferze edukacji. System edukacyjny w Sudanie Południowym uległ załamaniu w latach 1985-1990 w wyniku rekrutacji nauczycieli i uczniów do struktur wojskowych. Obecnie szkolnictwo w Sudanie Południowym cierpi z powodu ograniczonej liczby wykwalifikowanej kadry nauczycielskiej oraz braku wyposażenia szkół i podręczników szkolnych. Według szacunków tylko 30% dzieci w wieku szkolnym uczęszcza do szkoły, spośród których tylko 0,3% kończy osiem klas szkoły podstawowej.
- Aktualny pozostaje problem migracji ludności Sudanu Południowego. W wyniku konfliktów zbrojnych, które nawiedziły ten region około pół miliona uchodźców znalazło się poza granicami Sudanu Południowego. Referendum w styczniu 2011 roku spowodowało powrót ponad 300 tys. uchodźców, którzy w dalszym ciągu cierpią z powodu problemów ekonomiczno-socjalnych oraz braku akceptacji przez lokalną społeczność. Ponadto od początku 2011 roku konflikty międzyplemienne spowodowały przesiedlenia ponad 200 tys. osób. Dodatkowa fala 175 tys. wewnętrznych uchodźców związana jest z trwającym konfliktem w rejonie Abyei.
- Ogromnym problemem, który dotyka wszystkich mieszkańców Sudanu Południowego, w tym powracających uchodźców i migrantów wewnętrznych, są problemy związane z bezpieczeństwem żywnościowym. Obecnie cały centralny obszar położony między północną a południową granicą państwa wykazuje alarmujący poziom braku żywności w okresie od czerwca do września, czyli w czasie gdy ze względu na porę deszczową niemożliwe jest uprawienie ziemi.
- Kolejnym problemem jest brak powszechnego dostępu do bezpiecznych ujęć wody pitnej, a także godnych warunków sanitarnych. Według standardów pomocy humanitarnej (The Sphere Project) jedna studnia powinna służyć maksymalnie 500 osobom. Tymczasem w hrabstwie Uror na każdą studnię przypada 1500 osób. Ponadto ponad 80% mieszkańców Sudanu Południowego nie posiada toalet. Świadczy to o skali zapotrzebowania na infrastrukturę wodno-sanitarną.
Od początku swojej działalności w Sudanie Południowym PAH koncentruje się na dwóch sektorach: wodno sanitarnym oraz bezpieczeństwa żywnościowego. Rozwiązywanie problemów wodno-sanitarnych odbywa się w ramach Kampanii Wodnej, prowadzonej od 2004, której celem jest zwrócenie uwagi na problem niedoboru wody pitnej na świecie oraz zaangażowanie Polaków w niesienie pomocy ludziom, których wojny, klęski żywiołowe, globalizacja gospodarki, ubóstwo, nadmierne zużycie wody w krajach wysokorozwiniętych pozbawiły przywileju korzystania z bezpiecznych źródeł wody. Celem PAH jest tworzenie jak największej liczby miejsc z dostępem do wody pitnej – studni, zbiorników na wodę, ujęć wodnych, stacji uzdatniania wody oraz jak najwięcej sanitariatów i sieci kanalizacyjnych. Obecnie środki zbierane w ramach Kampanii Wodnej zostaną przeznaczane m.in. na budowę studni w hrabstwie Uror położonym w Południowym Sudanie (region ten został wybrany ze względu na jego dramatyczną sytuację wodną). Do tej pory ze środków przekazanych przez firmy, instytucje publiczne i osoby prywatne PAH sfinansowała budowę 94 studni w Sudanie Południowym oraz 40 studni w Darfurze.Dodatkowo w 2010 roku PAH rozpoczęła kampanię „Świat bez głodu”, z zamiarem poszerzenia obszaru działania Pajacyka na dożywianie głodnych dzieci w Sudanie Południowym .